Arrêt maladie : indemnités, carence et maintien de salaire

Un arrêt maladie ne se règle pas au seul cabinet du médecin. Dès la prescription, un compte à rebours démarre : 48 heures pour prévenir, trois jours de carence avant le premier euro versé par la caisse, sept avant que l’employeur ne complète. Le manque à gagner, lui, se découvre au moment du bulletin de paie.

Combien vous percevez, à quelle date, ce que devient votre contrat pendant l’absence : tout est chiffré, et vos marges de manœuvre aussi. Le calcul part de votre salaire brut, celui-là même qui sert de base aux heures supplémentaires majorées.

Prévenir votre employeur et votre caisse : 48 heures, pas une de plus

Un arrêt maladie se joue en deux jours sur le plan administratif. Le médecin prescrit, vous transmettez : l’employeur reçoit son exemplaire sous 48 heures, la caisse dans les deux jours ouvrables qui suivent l’interruption de travail. Au-delà, votre absence peut être traitée comme injustifiée, avec les suites disciplinaires que cela implique, et la Caisse primaire d’assurance maladie est fondée à réduire vos indemnités.

La plupart des arrêts partent aujourd’hui par voie dématérialisée, du logiciel du praticien vers votre caisse, sans intervention de votre part. Reste alors le document destiné au service des ressources humaines. Sur papier, seul le formulaire sécurisé à étiquette holographique est recevable : une photocopie ou un ancien modèle fait rejeter le dossier, et l’indemnisation avec lui.

Où partent les trois volets de l’avis d’arrêt

L’avis d’arrêt de travail se découpe en trois volets numérotés. Les deux premiers portent le motif médical et rejoignent la CPAM, ou la Mutualité sociale agricole pour les salariés du régime agricole. Le troisième, muet sur la pathologie, revient à l’employeur : il justifie l’absence sans rien dire de votre état de santé.

Une convention collective peut resserrer ce calendrier ou imposer un appel au responsable hiérarchique dès le premier jour. Vérifiez ce point avant de laisser filer le délai : c’est de la transmission que dépendent à la fois les indemnités journalières et le complément de salaire.

Un retard n’entraîne pas de sanction automatique. Les juges exigent de l’employeur qu’il adresse d’abord une mise en demeure de justifier l’absence, et laissent au salarié le temps d’y répondre. Du côté de la caisse, le retard se paie en revanche directement : les jours écoulés entre la prescription et la réception peuvent être retirés de l’indemnisation, sauf hospitalisation ou impossibilité manifeste de transmettre.

Combien vous touchez réellement pendant un arrêt maladie

Pendant un arrêt maladie, deux versements se superposent, avec deux logiques différentes. La Sécurité sociale paie une indemnité forfaitaire, calculée sur vos salaires passés. L’employeur ajoute un complément qui rapproche votre revenu de votre paie habituelle, sous réserve que vous remplissiez les conditions.

Le calcul des indemnités journalières

L’indemnité journalière vaut 50 % du salaire journalier de base. Ce salaire s’obtient en additionnant les trois derniers bruts perçus avant l’arrêt, puis en divisant le total par 91,25. Pour une paie de 2 000 € bruts par mois, la base atteint 65,75 € et l’indemnité 32,87 € par jour, samedis et dimanches compris puisque les jours indemnisés sont calendaires.

Deux plafonds bornent l’exercice. Le salaire retenu ne dépasse pas 1,4 fois le Smic mensuel, et l’indemnité bute sur 42,97 € bruts par jour. Un cadre payé 4 000 € perçoit donc la même somme qu’un salarié rémunéré 2 700 €.

Encore faut-il avoir suffisamment cotisé. Pour un arrêt allant jusqu’à six mois, la caisse exige 150 heures de travail sur les trois mois civils précédents, ou un montant de cotisations équivalent. Le temps partiel ouvre les mêmes droits que le temps plein.

Une période de référence incomplète ne bloque pas le dossier. Embauche récente, passage par le chômage, congé sans solde : la caisse reconstitue alors un salaire théorique à partir des mois réellement travaillés. Dernier détail qui compte au moment de comparer avec sa fiche de paie, les indemnités supportent la CSG et la CRDS, à des taux réduits, mais aucune cotisation retraite complémentaire.

Le complément versé par l’employeur

Le Code du travail impose un maintien de salaire dès lors que trois conditions sont réunies : un an d’ancienneté, un certificat médical transmis dans les délais et une affiliation au régime général. Tomber malade pendant la période d’essai ou pendant un préavis ne fait pas perdre ce droit.

Le complément vise 90 % du brut pendant les 30 premiers jours, puis les deux tiers sur la période suivante. Sa durée suit l’ancienneté : 60 jours entre un et cinq ans de maison, jusqu’à 180 jours au-delà de 31 ans. Une convention collective plus généreuse écrase ce plancher légal.

Trois jours, puis sept : le calendrier des versements

La Sécurité sociale applique une carence de trois jours à chaque arrêt maladie. Un arrêt qui débute le premier du mois donne lieu à un premier jour indemnisé le quatre. Deux exceptions : une reprise de moins de 48 heures entre deux arrêts, et les arrêts successifs liés à une affection de longue durée.

Côté employeur, la carence légale grimpe à sept jours : le complément démarre au huitième jour d’absence. Beaucoup de conventions collectives la suppriment, ou la limitent aux arrêts courts. C’est la première chose à regarder dans votre accord de branche, car l’écart de revenu sur une semaine est loin d’être anecdotique.

Les indemnités arrivent ensuite par quinzaine : la CPAM ou la MSA verse tous les quatorze jours, avec un relevé téléchargeable depuis votre compte. Si votre entreprise pratique la subrogation, elle encaisse ces indemnités à votre place et vous verse directement votre paie, ce qui lisse la trésorerie du mois.

Sans subrogation, le circuit se dédouble et le décalage se creuse. La caisse ne déclenche rien tant qu’elle n’a pas reçu l’attestation de salaire établie par l’employeur, document qui fixe la base de calcul. Un envoi tardif retarde mécaniquement le premier virement, parfois de plusieurs semaines, alors même que le droit est ouvert.

Cette mécanique a une fin. Le régime général verse douze mois d’indemnités au maximum par période de trois ans consécutifs. En affection de longue durée, le compteur passe à trois ans, et un nouveau droit s’ouvre après une année de reprise effective. Au-delà, le relais se joue avec le médecin conseil : invalidité, reprise aménagée ou reconnaissance d’inaptitude, selon l’état de santé constaté.

Ce que vous n’avez pas le droit de faire pendant l’arrêt

Un arrêt maladie suspend le contrat, pas les obligations. Vous devez suivre les prescriptions du médecin, rester joignable et vous abstenir de toute activité professionnelle, y compris pour un tiers. Un séjour hors du département suppose l’accord préalable de la caisse, sans quoi les indemnités sautent.

Les heures de sortie inscrites sur l’avis

Deux plages de présence obligatoire à domicile encadrent la journée, matin et après-midi, sauf si le médecin a coché la mention sorties libres. Un contrôleur de la caisse peut se présenter pendant ces créneaux. Une absence non justifiée à ce moment suffit à suspendre le versement, parfois à en réclamer le remboursement.

La contre-visite demandée par l’employeur

Payer un complément donne à l’employeur un droit de regard. Il peut mandater un médecin-contrôleur qui se déplace à votre domicile ou vous convoque à son cabinet. Le praticien ne transmet aucun diagnostic : il se prononce sur la justification de l’arrêt et sur le respect des règles de présence.

Un rapport défavorable coûte cher. L’employeur cesse le maintien de salaire et transmet ses conclusions à la caisse, qui peut à son tour interrompre les indemnités journalières. Vous gardez la possibilité de contester devant le service médical, mais le versement, lui, s’arrête sans attendre l’issue de la procédure.

L’obligation de loyauté couvre un terrain plus large que le seul travail rémunéré. Une activité bénévole visible, une compétition sportive, un chantier chez un proche : rien de tout cela n’est illégal en soi, mais chaque situation devient un argument si elle contredit l’arrêt prescrit. Le critère retenu par les juges reste la compatibilité avec les soins, pas la nature de l’activité.

Les fraudes avérées se soldent par un remboursement des sommes perçues, une pénalité financière et, dans les cas les plus nets, un licenciement pour faute. Les contrôles ciblés se sont intensifiés sur les arrêts répétés et courts, ceux qui reviennent plusieurs fois dans la même année.

Votre contrat pendant l’arrêt, et l’après

Un arrêt maladie suspend le contrat de travail sans le rompre. Votre ancienneté continue de courir, votre poste demeure le vôtre, et l’absence pour maladie non professionnelle ouvre des droits à congés payés, dans une limite annuelle plus basse que celle du travail effectif. Ces jours se reportent, ce qui modifie la façon de calculer vos congés à la reprise.

L’entreprise, elle, continue de tourner. Confier vos dossiers à un collègue, embaucher en contrat à durée déterminée le temps de l’absence, redistribuer les plannings : rien de tout cela ne pose difficulté. Le retrait définitif de vos fonctions sort en revanche du cadre, tout comme une modification du contrat imposée au prétexte que vous manquez à l’appel.

Une rupture fondée sur l’état de santé est nulle, au titre de la discrimination prohibée par le Code du travail. Le licenciement redevient envisageable dans un cas étroit : une absence longue ou répétée qui désorganise durablement l’activité et rend nécessaire un remplacement définitif. La démonstration incombe alors à l’employeur, pièces à l’appui.

Sur le terrain des droits sociaux, rien ne se perd. Vos droits à l’allocation chômage sont gelés plutôt que consommés, et les périodes indemnisées valident un trimestre de retraite par tranche de 60 jours, dans la limite de quatre par an. Les jours de carence entrent dans ce décompte, puisque c’est la durée de l’arrêt qui est retenue.

Une prolongation répond aux mêmes exigences que la prescription initiale et doit émaner du médecin prescripteur ou de votre médecin traitant. Signée par un autre praticien hors des situations prévues, elle expose au refus des indemnités journalières correspondantes.

Le retour se prépare autant que le départ. Au-delà de 60 jours d’absence pour maladie non professionnelle, une visite auprès du médecin du travail devient obligatoire, seuil ramené à 30 jours après un accident du travail. Quand l’état de santé le justifie, un temps partiel thérapeutique autorise une reprise par paliers, avec maintien d’une part d’indemnisation.

Sources

• Service-Public.fr — les indemnités journalières versées au salarié en arrêt maladie, 2026
• Code du travail numérique — le maintien de salaire par l’employeur, 2024